Las primitivas iglesias parroquiales alcalareñas son de época mudéjar, fechándose en la mayor parte de los casos a partir del siglo XIV. Existe cierta discusión en torno a la fecha de construcción de Santa María, en el "barrio alto" del Cerro del Castillo. Tradicionalmente se ha venido afirmando la posible preexistencia de una mezquita en el emplazamiento de Santa María, aunque las investigaciones arqueológicas realizadas en el entorno de la iglesia descartan la existencia de una ciudad andalusí (madina), y nunca se han realizado investigaciones arqueológicas en la iglesia que permitan establecer su origen.
Entre los elementos más destacables de Santa María se encuentra la torre campanario, con fábrica de sillería y ladrillo. Su parte superior fue restaurada en la década de 1940, pero junto con la fachada principal permite englobar el edificio en el grupo de iglesias mudéjares sevillanas de los siglos XIV-XV. Un posible indicio de una fecha más temprana (segunda mitad del siglo XIII) podría ser la pintura mural al fresco dedicada a San Mateo, localizada en la cabecera de la nave sur de la iglesia.
A lo largo de la baja Edad Media (siglos XIV - XV) se fechan las demás parroquias primitivas de Alcalá: San Miguel, Santiago el Mayor y San Sebastián. San Miguel surge como parroquia del arrabal, dentro de la expansión urbana de Alcalá durante el siglo XIV. El interior del edificio se halla completamente reconstruido, pues existe constancia documental de que a comienzos del siglo XX únicamente quedaba en pie la fachada, como consecuencia del abandono del arrabal a partir de la Edad Moderna.
En los casos de Santiago y San Sebastián, los edificios mudéjares fueron ampliamente transformados en el siglo XVIII, modificando las cubiertas y distribución general de las edificaciones. El caso de San Sebastián es un ejemplo de ermita convertida en iglesia parroquial durante la Edad Moderna, como consecuencia del desarrollo urbano del sector noreste de Alcalá de Guadaíra. Por el contrario, de las ermitas alcalareñas que conocemos a través de las fuentes documentales (San Roque, Santa Lucía y Santa Catalina), sólo subsiste la ermita de San Roque, situada sobre el cerro del mismo nombre, junto al comienzo del Camino de Utrera.
Una última serie de edificios eclesiásticos son los conventos, entre los que ha llegado hasta la actualidad el de Santa Clara, en la calle Nuestra Señora del Águila. No ocurrió así con el de San Francisco, desaparecido en el siglo pasado bajo un edificio contemporáneo. Y resulta singular el caso del Convento de San Juan de Dios, actual sede del Ayuntamiento de Alcalá y cuyas pinturas del claustro pudieron recuperarse hace pocos años.